Il faudra attendre juillet 1898 et l'initiative du nouveau ministre de la Guerre, Godefroy Cavaignac, qui veut clore à tout prix le dossier, pour que l’État-major prenne enfin conscience de la véritable nature du « faux Henry ».
Le 30 août, le colonel Henry avoue son forfait . Henry est arrêté et emprisonné au fort du Mont Valérien.
Le lendemain, il se tranche la gorge au rasoir dans sa cellule. Cavaignac démissionne. Esterházy s’enfuit en Angleterre.
L’opinion commence alors à douter de la culpabilité de Dreyfus.
Les antidreyfusards, eux, font de Henry un de leurs héros.